へのへの先生仮免中

やっぱ教授になるまで仮免中で行きます(なれるのか)、神経系の研究がメインです

ひねりのない週末・論文をたがめすがめつ・グルコサミンも安易には飲めない_ADにおけるN型糖鎖増加の可能性

あまりやることがなくて、結局週末学校に行っている。

そういえばホタルがもうそろそろ終わる季節、今年も見そびれた。

麻婆茄子が食べたくなったが、あまり米は炊きたくない、パスタでいいかということで、麻婆茄子パスタを作ったり。

悪くもなかったけど、まぁ横着しないでご飯食べたほうが満足感はあるかも。

 

真面目に言うと、研究に生活が塗りつぶされてしまうと、研究すら面白くなくなってしまう。

ちょっと外に出ようか、みたいなことは思っていたのだけど、あいにく雨が多くて出不精でいけない。

 

先週はずっと学生の論文書きの手伝いをやっていた。

僕のグループではないのだけど、まぁ頼まれるとガッツリやってしまう所はある。

今後にご期待ください!みたいなデータ構成ではあって、欠点より良点が目立つようにする必要がある。

ずっとデータの配置を動かして、カードゲームのようなことを考える。

どんなデーターも未解明な部分はある。

1つのデータで出た矛盾点や疑問が、解決を試みているんだ、という直線的な論理の流れを作っていく。

矛盾点の説明に所々で脱線していくと、あまりに計画性のない論文に見えるから、無理筋はあるけど、それは最後の議論の限界としてできるだけ後でまとめる。

限界点に関して認めるが、解決方法は提示して、ポジティブな研究の方向性をしめす。

文章を出したり引いたりしながら、無理のない線引き、言いすぎない、引きすぎない。

まぁ何年かやってきたけど、ヒトの文章の修正は結構好き、ゲームだよね。

 

最近はNotebook LMに関連論文(ネガティブなやつも探す)を放り込んで、アイデアごとに妥当性を即座に練れる様になってきたから、スピード感は上がってきた。

ノートブック外にデータでない安心感はあるのだけど、Geminiはいまいち文章のクセが強くて、矯正が必要だったりする。

ちょっと極端なんだよね。

極めて、とか、大きくとかすぐ使ってくるし。

きれいな文章をパッと出すのはChat GPTな気がするなぁ。

とはいっても、きれいな文章を書かれると、修正が要らない気がしていしまうから、僕はGeminiと格闘しながら直すほうが最終的に良い文章になるような気もする。

超絶強気な修正版は、結構自分では気にいってるんだけ。

でも、著者の方はあんまり自信が持てないかもしれなくて、著者にすべての権利があるのだから、修正に待ったがかかっても、あまり押さないようにしないと。

 

そういえば膝がかなり痛くて、そろそろ僕も人工関節かなぁと思いながらグルコサミンとかのサプリを飲んでたけど、Nature metabolismsにグルコサミンの過剰摂取?で認知症の危険度が上がるという論文あり。

www.nature.com

ぐええってちょっと思ってしまった。

手遅れかしら。

どうもアルツハイマー病ではタンパク質の過剰糖鎖付加とやらが起こっており、病気を進行させているとのこと。

グルコサミンのような糖鎖合成の材料を与えると、これらが進んでしまうらしい。

ただ、アミロイドベータとかタウ代謝に大きく関連するわけでもないらしく、単純に認知症悪化度が増えるような修飾因子っぽい事が書いてあった。

ヒトAD脳とマウスADモデルで増えるということはストレス依存的にこれが起こるばあいもあるのか。

 

 

鯨と野菜を食べる日々・父さんNeuroprteasomeは本当にあるの?

気が滅入ることが多い。

大学の醜聞とか、ミスって50万円変なところに振り込むとか、車の車検をやってたら思わぬ不調が見つかり23万円払うとか。

木曜日はなんかよくわからない議論で他の先生と噛み合わない話をしたりで、まぁ疲れた。

まぁ人災なものもあるわけで、ちょっと自分は傲慢になっていたり、注意力が散漫になっている気がする。

 

鯨が届いたので刺身で食べた。

美味しいんだけど、一人で食べる分量ではなかったなぁ。

赤みの刺身も美味しかったけど、湯かけクジラとやらが好き。

nagasakisanpin-database.jp

最近野菜料理に目覚めて?Youtubeで見た面白そうな料理を片っ端から作ってる。

いもバタートンテキとか

ナスを薄く切って、焼いて、その上に湯通しした豚肉を乗せてたべる。

ナスを細かく切って、レンチン6分、タレつけて揉む、とか色々遊んだ。

ナスは頑張るとなかなかうまい食材である、最近食べてなかったけど、色々開発してみたい。

 

したのURL にあった論文を読んでいた。

https://www.alzforum.org/news/research-news/neuroproteasomes-chew-tau-it-tangles

神経だけに存在するNeuroprteasomeと呼ばれる、膜に結合したプロテアソームがあるらしい。

膜に挿入された構造を持つので、細胞内に浸透しないプロテアソーム阻害薬で特異的に阻害できるようだ。

この阻害薬を神経に使うと、かなりアブノーマルなタウの蓄積が観察され、AD病態と関与するらしいという論文がNature neuroscienceの論文。

まぁ強烈に違和感がある所があって、

①親水性の高いプロテアソームが膜に突き刺さるメカニズムが不明

 →これは本当に不明、LRP1、ApoEが関与?

②神経細胞特異的にこれが起こる理由がよくわからない

 →LRP1とApoEは神経だけにあるタンパク質でないから、これも不明で残されている。

③他のグループは本プロテアソーム結果を確認しきれていない(いくつかの実験系が複雑すぎて再現が難しい)

あたりか。

本論文ではLRP1とApoEが大きく関わっていることが示されており、巨大な穴を膜内に形成する関連因子があるのではないかという仮説が提起されている。

実際今回の論文も、ApoEのADリスクに係るE4タイプが増えると、ニューロプロテアソーム活性が減るみたいなデータが有る。

ただ、気をつけなければならないのは、ApoEは膜タンパク質ではなくLRP1は単純な一回膜貫通タンパク質であり、これらのポアを作る中核となるタンパク質にはなり得ない。

LRP1より、AD関与だけどABCA1とかABCA7の方がまだワンチャン関係しそうな気がする、多回膜貫通タンパク質だし。

でも脂質輸送とプロテアソームのような巨大構造を貫通させるのには大きな差がある。

神経細胞特異的、というところにキーワードはあるのかもしれない、何らかのイオンチャネルの組み合わせで変化するとか?

まぁかなり疑問を持って読んだけど、実は中々データは堅牢で、上の疑問に関しても必要な実験はしようとしているので、筆者らが仮説を信じるに足るデータを持っているのは理解した。

この論文には色々ADの大家が関わっていて、Alzforumの記事内で批判的なコメントを出していた人が、匿名として出していたのはちょっと笑ってしまった。

まぁでも気持ちはわかるかな?

研究者としての感覚的には信じがたい。

10年後、この仮説は消えたと言われても全然不思議はないけど、新しいメカニズムの出現を見ている可能性もある。

 

 

鯨がくるじら・気落ち金無し・査読しんどく・クラフトコーラの世界

クジラが食べたいーという謎の気分が盛り上がって、山口行くかなぁっておもってたけど、通販を見つけて、セールの赤肉をドカンとかってみた。

土曜日に届くらしいけど、台風は大丈夫だろうか。

 

頑張って書いた奨励金が落ちてしまった、行けそうかなと思ってたのでショック。

今日はずっと、査読とか色々人の作った作品にケチを付ける仕事をしていて、最後に自分にケチがつくという。

ぼくってサイテーみたいな気分になってふらふら家に帰る。

傷心、精進。

今年はお金ないなぁ、托鉢でもしようかしら。

オーストラリア行きはちょっと余計だったなぁ、でももう1月したら行かねばならぬ。

 

まぁということで、査読を今日はポチポチやってた。

関連研究している学生に振ろうかと思ったら、全く返事がなくてやる気がないみたいで、まぁ仕方ないから自分でこなすか-と思って読み始める。

流石にAI(gemini)に論文を読み込ませることはできないけど(倫理的に)、自分の疑問点についてコメント案を作らせたり、常識的な論文のスタンダード、と照らし合わせたりしていたら、だんだんAIがヒートアップしてきて、Geminiが、

ボコボコにしてやろうぜ!

みたいな感じを醸し出してきて、かってに文案を出してくるのでちょっと引いた。

CHATGPTはどちらかというとブレーキをかけてくれるんだけどな、AIのキャラクターよ。

論文はすごくデータあるな-って思ってたんだけど、データあるだけだな-。

データに一貫性がなく、場合場合でカメレオンのように変わる立場よ。

まるっとお見通しだ!(古い)

まぁ最終的にはかってないほど合理的な批判になっていたように思う。

自分で書くとここまで長く説明文章書かないからな-。

原稿用紙4枚くらいになったのかな。

超厳しい(でも文句言えないほど隙がない)僕だったらこれもらったら泣くな-。

リジェクト率多くて忌避されそう。

でもこの論文は良くないわ。

 

生粋のコーラ好きで、コカ・コーラ漬けになっている。

ちょっと矛先を変えてみようかなぁと色々クラフトコーラというのを飲み始めた。

濃いシロップがあって、炭酸で飲む形ね。

最初、これはコーラじゃない!ってプンスカ言ってたんだけど、飲み慣れて、いや、これはスパイシーなジンジャーエールだわ、という悟りが生まれ、結構消費している。

薬っぽさが結構好き。

 

 

物の書き方を学ばせたい本・双亡亭壊すべしをよむ

こんな本を買った。

https://m.media-amazon.com/images/I/715qxlQgkaL._SL1500_.jpg

僕にしては珍しくちゃんと読んだ。

かなりいい本だと思う、書いてあることには納得することが多かった。

とはいえ、まぁそうだよね、という納得はあったけど新しい情報があったわけでもないかな、申請書書きをして久しいし。

文章力を磨きたい学生に読ませたくてかったけど、読んで身につくものでもないのが文章力だったりする。

ただ、この本は練習問題もあるのはかなり良いと思う。

生成AI活用法にはあまり期待しないほうが良い、倫理的なところから攻めているし。

AIの作る文章的な違和感を感じるのはコツがいる気がする。

自分や、他人の作る文章を徹底的に絞り上げられる人がAIを使うと時短できると思う。しかし、そうでない人が使うと、なんとかの谷にのりあげる、よくわからん文章になりそう。

時期的な速さをRapidではなくEarlyをつかえ、位の指摘(めんどくさいけど)ができるくらいのめんどくささが欲しいところ。

 

 

少しリセットしようと思って、日曜日は学校にいかないことにして、さて、何をしようかと考える。

ずっと通して読もうと思っていた「双亡亭壊すべし」25巻を読んでみた。

https://m.media-amazon.com/images/I/71KqQaPVSCL._SL1200_.jpg

狙いはホラー的な漫画なのかな、面白い漫画ではあった。

鈴木光司のリングシリーズ的な異物感?がうまかったし、登場人物が去るときにカタルシス、泣かせどころはよく押さえていて、うるうるする所も多い。

生物の持つ生への執着的な所がよく描かれていて、バイオロジーをやっている人間としてはほほう、と唸るところがあった。

面白かったけど、うーんなんだか他の作品と比べて登場人物が多すぎるが描写が不足していて、それぞれの背景的なものが軽かった気がする。

登場人物全てにフラットに物語への関与度があって、それぞれ引き伸ばされて薄くなってる感はあった。

この作家が老獪になって、ストーリーの流れを重視しているのかなぁと思ったのでこれはこれで良いのかもしれないけど、特に主人公がそれほど好きではない、背景が語られても、よくわからないし。

帰黒と残花だっけ、がくっつく伏線もあんまりないし、登場人物の動きがややストーリーに追従して都合が良くなっている感があった。

敵が生き返りすぎだと思う、あなた最後に良いセリフ言った気がするんですが、アゲインなんでっか。

ただまぁ、美術に対する美学であったり、生の(どちらかというと死かもしれんが)美学というテーマはよくわかったし、そういうテーマを読むものとしてはよくできている。

ラストは大変印象深かった、ここがまず思いついたんじゃないかな。

 

 

疲れて寝れないときには日記がかける・学振に叫ぶ・降り積もる仕事かな

日記書いてる暇あるのかな、もうあと9時間後に授業せねばならんのに。

 

なかなか配下の学生の学振がしんどかったなぁ。

書類書くのだけはなかなか成長してくれん。

ロジックが行ったり来たり、たまにさよならみたいな迷える羊を、最初はいなしていなして、出口に連れて行こうとしたんだけど、流石に間に合わん。

マンツーマンで横で見てると、うまく直せたりする

僕の時間は容赦なく削れるんだけど

学振取れる取れないより、書類をちゃんと書くスキルをつけさせねばの一心ではある。

元研究室が陸上運動会やりました、なんていうFACEBOOKの記事を見ながら、コイツラなんでそんな暇あるねん!と謎な怒りを覚えたわ。

その怒りは学生に向かうことになって、

なんで俺がいってることがわからんのだ!

みたいな感じで、気がついたら机叩いてたわ。

でも話していて、ある程度自分の考えで書いていたことはわかったから、やっぱり理不尽であったかな。

論文書くのと申請書書くのは、実は別ベクトルだってことに中々気づいてくれない。

まぁなんというか、最近息を潜めているんだけど、プチっと切れたときに我が父の血を感じる。

お久しぶりです、元気?みたいな。

うちの系統はちょっとてんかん気質があるのかも。

もうちょい時間を書けたかったところだが、まぁなんだかんだそれなりにはなったから、まぁ御覧じろだね。

ついでに自己アピール欄、うまいのを作成できたから、就職うまく行ってほしい。

 

疲弊しながら、人に言えない仕事を2つくらい片付けた。

でもあさって〆切の申請書の半分がまだ埋まっていない。

多分間に合うと思うけど、徹夜とかできなくなってきたから、さてどうなるか。

序文はめちゃくちゃ美しい(後で読むとあらがたくさんあったりするけど)。

まぁ笑っちゃうんだけど、実験をやれなくて机に座ってたら、電話がなるなる。

大体もう一人の教室の先生宛なんだけど、忙しいなってときには、仕事が降ってくるもので、気がついたらまた色々抱えてしまった。

ぐええ

まぁうーん、これ僕やってもいいの(苦笑)みたいな仕事だったりする

けど、断ると、自分の実力が足りません!みたいな話でそれもなぁ

ええいやってしまえの精神だったりする。

 

姉夫婦と墓参りしたりした。

まぁお互い年を取ったなぁって思うけど、なんだかんだ生きているのは両親が健康に生んでくれたおかげだなと思う。

AIに震える・データのマニュピレーションについて考える

気がついたら結構いろいろな締切が迫っていることに気づき震える。

配下学生も学振を書き始めたのは早いのに結局完成形の第1稿すらまだ見ていない私。

今回間に合わないけどいい加減ルーチンで文章書く練習させないと・・・

なんかいい本でも探すか。

彼の評価書も書かねばならぬ

 

色々書けない仕事・最近落ちてきた仕事もあって、ヒヤヒヤしながら投資したAIを駆使して頑張っている。

特にNotebook LMは良いというか、データベースを自分で形成する所が僕好みで、めちゃくちゃ楽しい。

AIにただ返事させるだけだと、なんか奴隷になった気がしちゃうし、一緒に作業した感があるNotebook LMはまだ救いがある。

www.yoshidumi.co.jp

秘密基地を作ってる感覚かなぁ。

Geminiで絵を作って、Notebookが使えて、クラウドが沢山確保できるというところではGoogleにお金を払うメリットは強く感じる。

とかく最近のデータベース論文は中身を解釈しづらいけど、自分に関係のあるデータがあるかまず確認して、該当部位をピックアップして確認という感じにすると、時間の省略にはなる。

昔の人間としては論文の隅々まで読みたい気持ちはあるけど、論文が多すぎて(というかデータが細かすぎて)とても時間が足りない。

奨励金のアイデアもある程度指示されるデータが確保できた。

国家試験の過去問をガシガシ放り込んで、傾向と対策集を作ったりもした。

まぁ色々できて楽しいけど、衰えている機能もあるなと思う。

最近論文あんまり読めてないきがする。

やっぱり全体を読まないと、筆者のロジックを追えないし、信頼性があるかわからなくなってしまう。

STAP論文は、なんか気持ち悪さを感じたもんな。

なんか研究へのコストの書け方が変に思えた。

査読するときくらいかなぁ、あんまり面白くないなってやつばっかりだし。

 

そういえば京大の捏造の話も中々大きくなっている。

slownews.com

購読して読もうかな、とちょっと思ってしまったけど、こんなゴシップ読んでも益はないのである。

東大の収賄といい、東大京大の格が落ちていってる感じもする。

どうでもいいけど、騒動の中の人のResearchmapを見ると何もなくて笑った。

えーこれで科研費通るんや。

自信のある実績は誇示したくならんのかな、ぼくなんか論文出たら一通りもってる研究者サイトには自分から打ち込みに行くけど。

Pubpeerとか見てたら行方不明マウスとかいて、生データと本論文のデータの辻褄が合わなくなっていたり、まぁなかなか辛いな-と思い読む。

In vitro実験で使用したタンパク質が活性を持っていないとか、海外のいい加減論文かいって突っ込んでしまった。

気が付かないだろうみたいな感じで混ぜ込んでくるけど、この抗体はヒト特異だからマウスのタンパク質は認識しませんぜ、っていう論文が結構多かったりする。

査読者にそこまで気づけというのは無理だけど、読んでいて雰囲気のおかしさはあったりする。

まぁゴシップになってしまってるし、ちょっとこの論文を維持するのは厳しいんじゃないかな。

ありまぁす、って主張するんだろうけど、生データ通りだと有意差がなくなっちゃってるし。

高額予算がついてしまって引っ込みがつかなくなったのかなぁ。

ふと思い出して、学生のノートを引き出してきて、確認してサインをサクサク進めるのであった。

反面教師にしないと。

タガタメの反省ぞ・島本和彦的に締め切りとどう向き合うのか・FFS新刊を読む

前回面倒がどうのと書いて、まぁまぁ自己嫌悪に陥る。

自分がいい人というわけでもなし。

そういうとこだぞーという、エコーが頭に響く。

ただただありがたかったなと思っていれば良い気がする。

まぁ反省して、なにか変わることがあるのかというと多分ないのだけど、曰く失敗するのは権利だけど、反省するのは義務らしい。

 

反省といえば、久しぶりに活字読んでるわ-というのがこの本

https://www.chikumashobo.co.jp/docs/images/book/big/9784480685384.MAIN.jpg

島本和彦の漫画を知っているか否かで結構評価分かれそうだけど、面白いというか元気は出るかな。

読んでると言ってることが変わる変わる。

結構ぶれてるんだけど、もうそれこそが島本節よね。

島本和彦の真面目さ(と可笑しさ)はかなり伝わってくる。

勢いしかないけど、なんとなく人生の指標をいただいたような気分にはなる。

まぁ錯覚かな。

学生は島本和彦は知らないかもしれないけど、一冊研究室に置いとくように買った。

 

ポストを見るとなにか入っていたので、なんだろうと見てみると、結構前に予約したファイブスターストーリーの新刊が入っていた。

www.youtube.com

もう40年くらい読んでるのかな。おそろしい。

作家のこだわりで、電子書籍が出ないのがつらい。

ズームとかできないんですよね。

永野譲先生、もう僕ら老眼じゃないですか・・・かんべんしてください。

せめて特装版で、1.5倍くらいの出してほしいです。

まぁ頑張って読んだけど、頭痛くなったな-

20年くらい?前から続いていたヨーンのシリーズがとうとう終わって、感慨深い。

というかデコースとか1巻から出てきたから、そのキャラ死を考えると40年かかったことになる。

剣技については、漫画ではまったく何言ってるかわからなかったい。

以前作者が作ったアニメをみたら、なんとなく筆者が考えているロボットの動きのイメージはわかった気がしたから、騎士剣技もPVとか誰かに作らせてほしい。

作者も結構な年だし、あと何巻くらい読めるんだろうか。

マジェスティックスタンドくらいは終わらせてもらいたい。