へのへの先生仮免中

やっぱ教授になるまで仮免中で行きます(なれるのか)、神経系の研究がメインです

干物を求めて東へ西へ・査読者で人気者?・ストレスグラニュールの知られざる機能~細胞膜の亀裂を塞ぐテープ?

鳥取で買った干物が美味しかったので、海の幸王国岡山で買えぬはずがあるまいと、岡山のブルーラインとよばれる道をたどりながら、海の駅回りをした。

ja.wikipedia.org

日生の海の駅しおじ

www.hinase.net

五味の市

www.hinase.net

を巡ったのだけど、この季節は牡蠣一択らしく、干物なぞござらん。

加工食品だから、魚市場行ってもだめなのかなぁ。

殻付き牡蠣を買ってきて(1ダース1500円だった)、さてどうしようかしらとおもったのだけど、無理やりデロンギのホットプレートで焼いてみた。

半生な気がして、よく当たるので怖かったけど、まぁ美味しい食べ方の一つではある。

 

結局、スーパーしかないかなぁと思って、父が昔好きだった店に行ってみた。

www.watanabeseisenkan.com

まぁそこら中にあるハピーマートよりは干物は多かったので、いそいそと買い込む。

干物ってどのくらい持つのかしら。

 

査読がどんどん来る。

RO誌はこの前やったばっかだけど。

Elsevierのよく知らない雑誌から来たから、とりあえず受けたけど、レビューの査読だった。

読むのめんどくさいんだけど、まぁ勉強かなぁ。

 

勉強計画で色々読んでたんだけど、この論文が面白かった。

www.nature.com

細胞はストレスを受けると、ダメージを受けた状態をある程度維持できるようにいくつかの反応を示す。

特に新規のタンパク質合成は状態の維持には向かないので、ストレスグラニュール(SG)という、まぁなんだろう、ジュースの中のタピオカ?みたいな区画に、翻訳に関わるようなタンパク質とmRNAあたりをガチッと固めてテンプルで、動かないようにしてしまう。

そうやって、ストレスをやり過ごし、状況が改善したら、タピオカとは違い、ぱっと乖離して合成をもとに戻す。

というところで、統合的ストレス応答、だったかな、結構様々なストレスで同じように起きるシグナルによりSGが形成される。

seikagaku.jbsoc.or.jp

しかし、SGの働きはもっと多様かも知れないというのが本論文のキモ

我々の細胞内小器官は膜によって袋のような形で区分されているが、色々なストレスによって、風船が割れるような膜構造の破綻が起こる可能性がある。

何が起こるかといえば区画化して外に漏れていなかった、溶液、とくに細胞の分解に関わるようなリソソーム(酸性)の成分が流れ出ると、細胞には大きな障害になる。

SGは一部膜に結合しやすいことが知られていたが、どうも膜の破綻と内容物の露出を検知し、その穴を塞いで時間を稼ぐような性質を持つらしい。

時間を稼いでいるともっかい膜がバックリ穴ごと食べて、もとに戻ることもあるらしい。

しかしSGを形成できなくなるようなG3BP1/2のノックアウトではエンドソーム・リソソーム障害の再生機構を失ってしまうことが示されている。

系がきれいで、論理だった良い論文だった、かなり面白い。

 

 

落ちる・起き上がる・周りを見渡す(査読する)・投資は勉強だ・戦国転生架空

なかなか楽しいことがなくて、ブログから遠ざかってしまった。

子飼いの学生は卒業してしまうし、金もなし、黄金期の一つの終了ではある。

この研究を進めるためにって、渾身の基盤B書きだったけど、色々仕込みが足りなかったのもわかる。

わかるけど、落ちてちょっと過呼吸気味にはなったなぁ

まぁ転んでも起き上がれるのもわかってる。

今年だったらもうちょい目があったかもだけど、流石に出直しやな。

もう研究できる時間もめちゃくちゃ長いわけでもない

ちょっと狂った手段なきがするけど、無理してお金工面できるかやってみるか。

 

気が滅入ってはいたけど、ちょっと楽しいことをしようと思って、弟子の論文のプレスリリースを作っていた。

中高生にわかりやすく、みたいなことが書いてあったから、漫画を書いた。

iScienceも結構砕いてみたけど、あんまり一般受けはしなかったから、ちょっとせけんずれしてるんだろうな。

 

3月に入って3本くらい査読をやってた。

他のヒトはなんで査読をやるんだろう、とか思って色々なブログを読んでたが、なんと自分が査読してもらうといことの恩返しにやっている人もいるらしい。

世の中には、偉いヒトが居るんだなぁと思うのであった。

自分がなんでやるかというと、よくわからない所はあるんだけど、自分が論文を書くときのために批判力を研ぎ澄ましている部分はある(あと憂さ晴らしかなぁ)。

ヒトの論文に突っ込めなければ、自分の論文の穴は塞げない。

まぁ自然批判的に読み過ぎで、あんまり合格率が高くない気がする。

雑誌にもっと合わせるべきなんだろうけど。

3ヶ月位嫌気が差して、スイス(というか中国資本)のM社の執拗な査読依頼を断っていたのだけど、アルツハイマー系が来たので、受けてみた。

うーん、インパクトファクターはやたら高いけど、この雑誌はザルでしかないよね、データ以前に構成がどうなのかしらと思う、散漫。

 

一、二本レビューを書くつもりで、勉強に専念してみようかと思い、一日2本を目標に読み始めている。

学生に読んでもらったりしてたけど、実際に自分で読むと思いつくこともちらほら、そのたびに実験の仕掛けをしたりするから、散漫ではある。

 

貯金の2割位をコツコツ株投資化を進めている。

推し活方針、損しても応援したい企業に1票である。

製薬会社の株を買うと、その会社の新薬とか色々調べるし、結構勉強するんだよね。

授業には活かせそうだし。

そういえば今年の国家試験の薬理は新薬が多かったなぁ。

教えてたから、できなかったやつは勉強しなかった方が悪い

まぁこう言い切れるのも大事。

クリスパーセラピューティックという会社があって、1ショットで病気治るといいよなぁと思い、2年くらい前からちょこちょこ買ってたけど、最近新薬が承認されて、なかなか景気が良いことになっている。

bio.nikkeibp.co.jp

これからうまくいかない理由もいくつか思いつくから、今から買うのはおすすめしないけど、応援する気持ちがあると、ちょっと低迷していても許せるところはある。

こういうのも薬理学の教科書に載ってくるんかな、まぁ後になるほど勉強は大変だね。

去年国試に受かった私は、多分大昔に取った先輩方より、よっぽど偉いという道理。

受かれば何でも言えるわ、楽しい。

まぁ株は負けてもいいやっていう安さがあるときを狙いたいものだ。

古巣のSファーマが偉く弱ってるから、応援に株買おうとしたら、契約してる会社から買えなかった、残念。

 

 

淡海の海という転生架空戦国モノを読んでたりした。

www.tobooks.jp

うーん、まぁ時間は潰れるし、知らなかった歴史の人物を知れたりはするが、あまりにもご都合主義、あわんなぁ。

こういうときには漫画をよむ・Cryptic exonはALSバイオマーカー・病態の解明につながるか?

色々滅入っていて、あまりブログを書く元気がなかった。

仕事しかしてないのに仕事がうまく行かないと、どうにも。

 

こういうときはバカバカ漫画を買うことが多いんだけど、これはなかなか名作の予感。

www.shonenjump.com

一気に既刊を読み切るくらいには面白かった。

落語でジャンプ、強い。女主人公でジャンプ、強い。

よくよく見ていると、ちゃんとジャンプっぽいところもある。

何巻くらいで終わるんだろう。

ちゃんと考えてそうだけど。

 

いくつか論文を読んでたけど、これは面白かった。

www.nature.com

Cryptic exonの論文を読んだときに、この可能性を思いつかなかったのは謎。

僕もだいぶ鈍くなったのかなぁ。

ALSの病因遺伝子の一つTDP43は、RNAと結合してスプライシングを制御するが、ALS病態では核局在が減り、結果的にスプライシング異常が起こる。

色々なパターンがあるのだが、一部に今までイントロンとして飛ばされていた配列がExonとなり、新しいアミノ酸配列がタンパク質に追加されることがある。

逆に言うと、この新しい配列は病態特異的に現れることになるから、疾患バイオマーカーとして使えるのではないかという話。

分泌因子 hepatoma-derived growth factor-like protein 2 (HDGFL2)を選んで、特異的抗体を作成、本抗体がALS病態において脳髄液や、血症で特異的な認識を示し、また、初期病態を検出できることから、病態マーカーとしても有用であり、Cryptic exonと発症の密接な関わりをしめしている。

TDP43とは別のC9orf72の病態でもこの抗体の認識はあるため、異なる遺伝子シグナルをつなぐ共通機構の存在も予想される。

 

 

 

ひとだめPDF翻訳ソフトReadable(すげえ)・化学界にまで名の轟く(?)

なかなかのモノグサ、かつ査読のはかどるソフトウエア、Readableで遊んでた。

readable.jp

これはなかなかすごいソフト

翻訳としてはDeepLはかなりすごいソフトだが、PDFをうまく翻訳できるかというと、Webの文章とは異なり、改行がかなり入り、翻訳もぶつ切りとなってしまう。

それを避けるためにShaperなどのサイトを使ったりするが、コピペ作業は面倒である。

dream-exp.net

Readableはフリーの部分はかなり面倒な縛りがある。

1.ある程度の容量のPDFしか翻訳できない。

2.一度出力された英語をDeepLで翻訳し(ここにも契約が無いと字数制限が出てくる)、貼り付け直さなければいけない。

ただ、ほとんど図の位置を変えずに論文を日本語で読めるのはちょっと感動した。

一回遊んで感動してしまって、とりあえず契約して一週間のフリータイムを楽しむ。

PDFが一括変換で日本語になっていく凄さよ

一部の図まで日本語になってるからなぁ。

下記(Zhang et al Science 2024)が

こうなる

ヒトは退化していくなぁと思った。PDFまるごと翻訳してくれると大変楽。

数読まないといけないときはあるから、そういうときは捗るかなぁ。

一年で1万円くらいなら出してもいいと思った

まだお試しだけど、たぶん契約するかな。

まぁやや翻訳文がまどろいから、改善はしてほしいけど。

 

化学協会とやらが出している化学系雑誌の査読がきて、どうしようかなぁと思ったけど、Abst見る限り読めそうだったので、査読することにした。

化学会に轟くへノヘの先生!(多分便利使いだけど)

ふつーにいけてない生化学のデータだったんであった。

ちょうどよかったからReadableで訳して読んでた。

査読に回ってくる英語は結構酷いのが多いから、時間かけたくないんだよね。

コミュニケーション(短報)というあまり見ない形式の論文であった。

なんかもうちょっと抜いて読むべきだったのだろうか。

超激初期的な実験じゃねって返したけど良いんかな。

ゴジラに政治は似合わない・その図は大丈夫?客観的なチェックは重要・SPT-LC1変異によるALS発症メカニズムとは?脂質蓄積が引き金か

映画を見る日々、まぁ時間は結構あるものだ。

ガッジーラ何かを見に行った。

godzilla-movie2023.toho.co.jp

面白かったけど、アラも結構目につくなと思う。

神木隆之介は下手じゃないんだけど、戦中にしては整った現代的な髪型だったり、うーん結局現代が透けて見えるようななんちゃって時代劇に思えるところも多々ある。

政府が頼りにならないから、民間で、ってのも少し思想が透けて見える。

別に官民一体であったり、理想の政府像みたいなのがあってもよいところで、なんで物語の中でまで政府が役に立たない、という思想を並べねばならないのか。

日本の創作者の悪い所が結構出てる映画にも思える

シン・ゴジラのほうが好きまである。

ゴジラが泳いでるのがちょっと面白かった

いや、あの造形で深海から浮かんでくるのは無理あるて。

映画には出てないけど、物理的には水面下はバタ足で必死に浮こうとしていないと浮力は得られないよなぁ。

 

雑誌社が図のチェックというのを始めたのだけれども、どうもRT-PCRのバックグラウンドが無くなってるという結果が出たらしく色々遣り取りをした。

とりあえず生データがあることを示して、学生とああでもない、こうでもない、という話をしていたんだが、PDF変換時にかなり解像度が落ちている可能性がわかり、再修正して、オッケーをもらった。

データを別の形式に変換するときは容量チェックをしなければならないなと言う教訓。

とにかく生データは大事、最近はMendeley dataなどで公共データベースに上げることにしている。

まぁ自分へのプレッシャーかな、ノート書くの下手だし。

 

思春期でALSを発症してしまうSPT-LC1の論文を読んでた。

www.jci.org

この酵素はスフィンゴリピッド(SL)産生の起点となる酵素になる。

これまでにも感覚神経・自律神経障害をおこすHSAN1の病因となる変異が見つかっていたが、今回ALSにも変異が見つかった形だ。

まぁ運動神経障害を起こすのがALSという定義なだけで、色々なALSがあるんだよという話かもしれない。

面白かったのは変異場所の区分けがはっきりしていて、ALSの変異は膜貫通部位やその近傍にあり、その結果ネガティブレギュレーターであるORMDLというタンパク質と結合できなくなり、異所性の活性化が(それだけではなさそうだが)起こる特徴を持つ。

SLの産生増加は、Ceramideの増加に繋がり、ネガティブフィードバックがかかりSPT-LC1活性が低下するが、変異体ではフィードバックメカニズムに異常があり、SL、特にCeramideが増加しているようだ。

大体の病気は酵素活性低下があるのと大きな違いに思える。

HSAN1変異はそれに対して、Deoxy-sphinglipidという、通常では代謝しにくい毒性があると言われる代謝物が蓄積してくところに違いがある。

これは通常SPT-LC1はセリンを基質としてSphingolipidを形成するのに対して、変異体はアラニンなど他のアミノ酸を基質にするような、基質認識のゆるさがあるためのようだ。

これらはSphingoliid蓄積が神経毒性を持つとともに、神経の種類によっては蓄積するSphingolipidの種類による感受性の違いが存在することが示唆される。

データ的には気持ちよくスッキリとした分子メカニズム論が語られていて面白かった。変異で活性化というのは特筆すべきかもしれない

酵素の阻害薬は治療薬として作れやすそうに思える

まぁパーキンソン病におけるLRRK2なんかは昔から活性増加、と言われているけど、阻害薬って今どうなってたかな。

www.nature.com

こんな話はあるみたいだけど。

 

他のALSリスク遺伝子と共通メカニズムがあれば、なにか拾えるものがあるかもしれないが、さて。

無限の恐怖・昔のゲーム音楽フィーバー・論文受理(やったね!)なにとぞ構文は英語でどう言うのか・論文査読(やったよ!👎)

久しぶりにあった人たちに、大きくなった?太った?といわれるので、やばい気持ちになってきた。

痩せたい

でも最近ハマってるのが無限エビだしなぁ、亀田製菓恐るべし。

www.kamedaseika.co.jp

無限ノリもおすすめ。

 

昔のゲーム音楽を最近聞いていたからか、もうゲームの記憶がかけらもない曲がおすすめされてきた。

www.youtube.com

3人のメインシンガーが違う歌詞を歌っているのだけど、それらがまとまっていく所が結構好きであった。

殺伐とした昨今だとこういう平和の歌(ゲームのエンディングテーマでも)は刺さるところがある。

 

ということで、弟子の論文が受理された。

\(^o^)/ヽ(^o^)丿ヽ(`▽´)/

いやーぎりぎりぃ。

先週の木曜日に一度リバイスが帰ってきたんだけど、まだまだこの論文には限界があるでしょ!という最後のひと刺しが待っていた。

JBCとかJLRではどうも最後にReviewer3(たぶんアソシエイトエディター)が一言物申す習慣になってるみたい。

コンニャロと思ったんだけど、まぁ負けて、限界あるよね~一瞬でなおして金曜日に出したか。

ここまで限界書かされるんだったら、論文題名変えたいわ

核機能が大事って題名なのに、核じゃないかもなぁって書かされる苦痛よ。

 

初回投稿時やリバイスでは、論文の審査に、自分の締切を持ち出していくのはどう考えてもフェアじゃないし、プライドも許さん、できるだけやらんとこと決めていた。

黙って時間の計算だけしてたんだけど、流石にここまで来たら良いかなぁとおもって、論文修正時にアソシエイトエディターに

「路頭に迷うファーストオーサーがいるんです、なーにとぞー🙏審査の迅速化お願いしマウス」

というメールを送っておいたら即日受理された。

まぁ所詮行儀が良いだけでは世の中渡っていけないのだなぁと思った。

Response to reviwers commentsが結構大作、公開されないのが残念だ。

前の論文も論文に費やした文章以上に力説した記憶。

 

すごい気分が良くなって、結構最近断ってたRB誌の査読が回ってきたので、よし、アクセプトさせちゃる、とか思って読み始めたんだけど・・・

まぁ思ったけど、最近メソッドをおざなりに書くのはかなり悪手じゃないかなぁ。

本文くらい気をつけて、ほとんどすべての情報を網羅するぜ、位の気持ちで書かないと、何かをごまかすニュアンスが出ちゃうからなぁ。

なんかC国の研究者はこの辺がよくわかってないのかなぁ、おざなり。

スケールバーがない、分子量がない、N数がない、全部駄目。

図のデータに査読者が気づいてしまうような大掛かりなミスがあるのもどうかなぁ、もう全体的に信頼性が落ちるんだよね

単純ミスかもしれないけど精査してほしい。

すごいツッコミどころを上げてたら、A4二枚くらい書いてた。

めっちゃスッキリした自分がいたりする😀

 

今年の博士学生は全部論文が受理されてめでたい、全員12~1月に決まるという離れ業ではあったが。

 

母の遺産がぴーんと出てきたりした。

これを使い果たすくらい豪遊させたら良かったなぁと思ってしまった(T_T)

自分のこれからの人生で使い倒すなら、研究資材なんだけど・・・

 

 

 

 

通信速度についていけない・雑誌社のお知らせを待つ日々(アクセプトしか聞きたくない!)・ゲーム音楽は青春か

昔の同級生からSNS経由で連絡が来て、明日返事しよーと思ってたら、早く返信くれないかな?みたいな若干キレ気味の追伸が来た。

スピード感に戸惑う

常時家族と連絡するヒトはみんなこんな感じなんだろうか。

まぁもちろん顔が見えてないからイライラしているかなんてわからない

機能的な文章はヒトをイラッとさせることがある不思議。

どっちかというと私がさっさと返信しないことに後ろめたさがあるに100ペソ。

普段話してないヒトと話す気分はなかなか盛り上がらないところがある。

あのころの同級生たちの顔がまるで思い出せない。

物心付いてないで、ふわふわ生きてたなぁ。

何だったら博士学生が2人ついていた、この数年が一番絶頂期だったなぁ。

人生で一番楽しかった。

 

19日にアクセプトが必要な弟子の論文のレビュー待ち、胃が痛い

ほぼ要求には答えたと思うし、これではねられるとつらいなぁ。

そんなとき飲むのはラニチジンなのか、ランソプラゾールなのか、ボノプラザンなのか

そろそろ期末試験モードに入りつつある、今年はどこを出そうか。

色々な編集履歴に対して、Trackingがついているので面白くて、毎日1回はチェックしている。

バイスのレビューも帰ってきてるみたいで、そろそろ結果がわかりそう。

毎回めくらうちのガチ勝負だが、査読者は知ってるヒトだったりするんだろうか

同級生だったら(連絡が来た)腑に落ちるけど、まぁ分野が違うかな。

 

今年は弟子の卒業で完全に戦力が減るし、一番論文に近い話はどれだろうと、いま流してる4系統くらいの実験(多い!)のタイムラインを考える。

直弟子がほぼ1人、社会人が1人、うえー足りねぇ

東大にアイデアだけだして、原作ヘノヘノみたいにならんかな。

まぁ元研究室の自分の評価はわかってる。

あいつはピーキーで時流に乗れないと思われてるに決まってる。

自分の思いついたことのほうが楽しいって思っちゃうんだよなぁ。

ヒトの後追いしても面白くないし。

さて、自分でやらねばならぬのだろうし(やりたいことリストみてたら多すぎて、気が遠くなってきた)、集中やなぁ。

基盤B出してるけど、当てても使い切れるんやろうか。

もう懇親の傑作(?)申請書なんだけどなぁ。

 

能登地震で逃げ遅れたドライバーがおばあさんを助けるニュースで少しうるうるしてしまった。

年取っても一生懸命生きようとしてるのはヒシヒシわかるようになってしまったしなぁ、長生きしてほしい。

お母さんも動脈瘤がなんとかできたらなぁ・・・

 

Youtubeで昔聞いたゲーム音楽がオススメされていた、リメイクされているのね。

www.youtube.com

このゲームはよく分からないで投げちゃったけど、音楽は神がかってた記憶

何かがなくなりつつある悲しみがあるんだけど、願いがそこにあるような感じか。

Time scarは未だにワクワクする曲だし、この曲を聞くためにゲームやってもいいかな。

www.youtube.com