へのへの先生仮免中

やっぱ教授になるまで仮免中で行きます(なれるのか)、神経系の研究がメインです

異邦人な気持ち♪・創薬の妄想を刺激するかBiograph・フリーで快適統合バイオデータベースNextbio・パーキンソン病とLysosome機能(ATP13A2変異から)・GPR21は糖尿病標的か


週末にまっとうに働いて生きているヒトと話す機会があったのですが、なんとも自分が世間離れしてしまったなぁとしみじみ
どうにも話がかみ合わない。
べらべら自分の事をしゃべってもちっとも面白くないし、相手は今一関心がない。
色々やってもどこかずれてるような感覚。
あーあ、自分を笑い飛ばせないでどうするか!
まぁこのシリーズも今月でネタ切れだし、何とか乗り切ろう
Happiness is when what you think, what you say, and what you do are in harmony.
だそうな。
多分自信無くなってるのかな。
夢が持てるような、仕事しないと
リハビリしなきゃなぁ。

ちょっと面白いサイトを発見
Bio graph
これはヒトを選ぶと思うけど、僕みたいな妄想屋には面白かったなぁ。
どういうソフトかというと、二つのキーワードについてどれだけ相関性があるか、どのような経路で関わりがあるか図表にして、また文献を表示してくれる。
そうですな、たとえばあなたの勤めている製薬会社、これまで糖尿病についてがんばって研究して来たけど、この薬で神経変性疾患とか治ったりしないかしら?と思ったとする。
そう考えたあなたは多分、Googleで検索してみるだろうか。
実際多くの文献は見つかると思うけど、ニュースやら特許やら、広告やらなにやら雑多な情報が混じっている。
検索語を増やして行けばある程度方向性は出せると思うけど、実は自分の思いつく方向にしか探せない。
うーん、ちょっとわかりにくいだろうか。
では例をとって、糖尿病(diabetics)とパーキンソン病が関連するか検索してみよう
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Find linkを押すと、もう少し細かく語句を定義するようになります
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指定してまたFind link押します
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ちょっと例が悪かったかな、でも幾つかのパスウエイでパーキンソン病と糖尿病をつなげる事がわかりました
(まぁ一部はこじつけに近いような物もありますが)
つまり自分では予期していなかったようなパスウエイについて検索でき、あらたな着想をえるきっかけにできるかもしれないわけです。
それぞれのつながってるリンクをクリックすると、さらに統計学的にどれくらい二つの語句の関連があるか?について情報が得られる場合もあります。
ダイレクトリンクでない場合は糖尿病とマイクロRNA、とかマイクロRNAパーキンソン病という中間にあたる情報が得られますわ。
僕結構すきかも、これ。重いけど
特許情報も網羅してるとなお良いんだけどなぁ

Nextbioを久しぶりに使ってみました
Nextbio社によるフリーの総合バイオソースです
むかし使っていたころから、また色々機能が追加されて面白かったです。
登録すればタダで使えるので、お遊びでも使ってみると面白いですよ
ちょっと遊んでみますね。
さっき論文読んで面白かったパーキンソン病関連遺伝子ATP13A2で行ってみましょう
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ちょっと文献情報だけ詳しい画面出しますか
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うーむ、洗練されてると思いました。良いサイトですね。

さて別に予告したわけでも無いのですがATP13A2の話に
この遺伝子はPARK9と言う分類にされる、家族性パーキンソン病関連遺伝子(症状はよりドラスティックかな)です。ちょうどノックダウン等の論文がPNASに
まぁわりと予想通りだったんですが(後からなら誰でも言える台詞)やはりLysosome機能が悪くなる
患者皮質細胞、ノックダウン等するとLysosome機能落ちるみたいですね
そしてαSynucleinたまりやすくなるし、ドパミン神経死んでしまいます
興味深いことに、やはりLysosomeの機能が悪くなるゴーシェ病はパーキンソン病のリスクファクターであること、また最近ライソソーム分解系が深く関わるオートファジー機能を遺伝子改変により落としたマウスはαSynucleinやLRRK2が蓄積するという文献がJ neurosciに出ており、Lysosome系とパーキンソン病は熱いですな。
ヒューヒュー

あれ、なんかもう一本これは面白いって思った論文あったよなぁ、なんだっけ
わすれた。
ああ、GPR21だ
これはねー(本当なら)創薬的には絶対面白いよね
主に脂肪組織のマクロファージや中枢にも良く発現するオーファンG蛋白質結合型受容体GPR21というのがあるんだが、その欠損体は肥満モデルにおける、インシュリン耐性を改善するため、その阻害剤がType2 diabetesのターゲットになるかもしれないと言う論文。
題名見ただけで、これやってみたいなぁって一瞬思った。
まじでやりてーノウハウと動物があれば・・・
アルツハイマーと糖尿病は真剣に、ガチにリスクファクターだからな。
機能欠損で改善!オーファンGPCR!、これほど創薬の心をゆすぶる単語集があるだろうか、多分有るか。
GPCRときくとじんましんが出そうな友達は結構沢山いるし
ゲフンゲフン