なんか疲れちゃったな、環境変えないといけないのかもしれないけど。
わかってもらえないのは説明をしないからだけど、なんか俺ひねくれてるのかなぁ。
自分でも何が面白くて生きてるのかもう皆目わからん。
なんかもう一本だけハッとする論文を書いてみたらそれでもういいのかもしれん。
フラフラするより実験であったり、他のものであったり、今見えてるものがちゃんと終わるのを見てみたい気がする。
生理活性の有りそうなペプチドを見つけて、色々なフリーソフトで計算している。
良さそうだったデータベースを並べてみる。
ちなみにどれも結構時間かかるので御覚悟。よる仕掛けて、朝結果を回収するくらいの気持ちで
まぁアルツハイマー屋さんだからAmyloidbeta42でいってみる
待っている間にPredictproteinを動かしてみる（要登録）
こちらは結果が出るの早い
ホモロジーサーチ、未知のペプチドだったらどんなものに対応するか検出できる。
今回二次構造を知りたかったのでSecondary structureをチェック
だから何って言わないで。まぁどのへんにαヘリックスがあるかわかっていて生理活性に重要だと思えば多分第一候補変異はProline、次がGlycine位で変異を入れてやろうかって気分にはなる。
どうでもいいが、こういうデータベースでFASTA formatで入れてって書いてある時は
＞Sequence 名
DAEFRHDSGYEVHHQKLVFFAEDVGSNKGAIIGLMVGGVVIA
のような書き方をしないといけませぬ。
さてまだまだ一番最初の返事は帰って来ません。
PSIPREDを動かして見ることに。
これはFasta formatなので上のように記載してください。
さてドン
図式化もしてくれます
お気づきのように、サーバーによってわりとバラバラな結果です、細かいパラメータを合わせる必要があると思います。
見やすいデータが出て来るのはQuick2Dじゃないでしょうか
最初のは結果がなかなか出て来ません、もう寝ますので、明日会いましょう。
さすがPNASと久しぶりに思った（まぁ悪い意味で）αSynuclein毒性論文
何度読んでも意味わからん。というか意味はわかるんだけど意味はあるんだろうかと自問自答。
うーん？ミトコンドリアの機能障害とパーキンソン病は密接な関わりあり、ミトコンドリアの蛋白をスクリーニングした所、ミトコンドリアでPhosphatidylethanolamineという脂質を作り出す酵素PSD1をノックアウトした酵母では、αSynucleinが増加していた。またER stressマーカー増大
そこでEthanolamineを補填したら回復。
PEの低下により大きなTraffickingの障害
まぁいいんだけど、当たり前だけど結構エッセンシャルな脂質だから、色々な所に障害がある印象。
Additiveな毒性があってもあたりまえじゃない？って気持ちも。
かなり一方的なスキーム書いてあるけど、証明してないよなぁ、これ。
まぁ取っ掛かりとしては、Synucleinは脂質に結合しやすいって所を加味すれば面白いかも。
