ただ、高熱が出た時、必死で柄杓で水を汲み出し続けるような夢を見たりするので、どちらかと言うと体調がわるくて、それを頭のなかでプロセシングして、気持ちの悪い夢を見たりするのかもしれません。
残念ながら結婚した夢を見たこと無いんだよな・・・
本屋をウロウロしてたらこんな本を見つけました
ニヤリとしてしまう、なかなかセンスのいい言葉と猫写真が充実しております。
最近はImage Jの使い方と、タンパク質Aとタンパク質Bの共局在の示し方について検討しております。
まぁ、AとBそれぞれの抗体を使ってそれぞれ蛍光をかえて写真をとり、Aが緑、Bが赤なら、合成した色つまり黄色の領域が共局在している（らしい）領域がある、と言えないこともないのですが、ここで某T大、某S先生のむかし言ったことが響きます。
有意差がでなかったら差があるなんていっちゃいけないんだよ！
共局在でも程度、どのくらいの一致率なのかは示すべきですし、、条件Aと条件Bで共局在の程度に差があるということを示したい時どうすればいいのだろうか、悩む日々なのです。
まぁピアソン関数とかMander関数とか使うんだろうなぁとか知ったかも出来るんだけど、どう違うねん。
というかそもそもピアソン係数とかどう出すの？って話もある。
とか言ってると、ちょうどいいレビューが見つかったので、要約しながら、顕微鏡で見た共局在を画像化する方法について読みといてみる。まぁ自己満足ですたい。間違ってたら教えて・・・
昔賢しげにこうやるんだよとか書いたら、怒られたこともあるんで、あんま自信ないんですが。
Open accessなので怒られないとはおもうけど、出展はAm J Physiol Cell Physiol. 2011 April; 300(4): C723–C742. Dunn et al., A practical guide to evaluating colocalization in biological microscopyによる。
上段A～Cの場合は取り込まれた状態で、赤も緑もおなじトランスフェリンに付いているので、当然局在もエンドソーム内（顆粒状担っている所）で一致する。
下段E～GでTransferrinはTexas RedでAlexa488はデキストラン（デキストランは非常に大きく、エンドソームに到達しない）に結合したものを使用すると、デキストランは細胞表面近くに蓄積し、トランスフェリンと局在は不一致である。
AがMergeでBの赤とCの緑を合成したもので、黄色になっている所が共局在と（完全な証明ではないが）示すことも出来る。
しかしA内の四角に注目すると、実はこのMergeというやつは、赤、または緑の蛍光強度が等しい時に有効であり、一方の蛍光強度を弱く表示すると共局在をしていないように見えてしまう。
そこで、厳密に共局在を検討する場合はMerge画像ではなく、BとCの蛍光の見られるPixelごとに比較する。
（もう少し噛み砕くと、一つ一つの顆粒で緑で染まるのか、赤で染まるのか、両方でそまるのか、と比較していく感覚）
A~Cのように、一致率が高い場合、赤の蛍光強度が高いPixelは緑の蛍光強度も高いはずで、Dのような直線性の相関関数を示すことになる。
一方でE~Gのように一致率が低い場合、赤の蛍光強度が高いPixelは逆に緑の蛍光強度が低く、逆も真なりとなるのでHのような逆相関をしめすことになる。
さて明日はこの相関係数を求めて、なんとか比較する、というお話まで辿り着きたいのだけど、余談としてDやHのようなプロットを書く方法について書いてみる。
基本的にはImage Jを使えばいいと思うけど、Metamorphってソフトでもある程度出来るんじゃないかとは思う。
Colocalization finder（http://imagej.nih.gov/ij/plugins/colocalization-finder.html）
からプラグインをダウンロードして、ImageJをインストールしたフォルダ（普通Program file内にあるはず）をひらき、プラグインというフォルダがあるはずなので、ダウンロードファイルをそこにコピペする。
そうしてImageJを起動すると、Pluginタグの下に、それぞれインストールしたプラグイン項目が現れるのでそれをチョイス。
（そのまえに比較するFigureを二枚開く。8ビットしか受け付けない、色を削除が必要な場合があるので、ファイル変換などの諸操作を先にしておく、もともとMergeした画像の場合（例：組織染色で、免疫染色：赤 核染色：青）のばあい、ImageJで色ごとにファイルを分ける事も可能
まぁ後はダウンロードページの指示通りやってケロ。それらしいものはかけるぜ。
もっといいプラグインがあった気がするけど、家ではわからないなぁ。
Image J日本語説明もあるので、ヤクザなヘノヘノは無視して、興味があったら自習されたい。
