気は焦るんだけど、進まない。
体裁だけはなんとかしてみたから、少し自分の色が出るか、もう一週間考えてみよう。
なんていうのか、クビを締めながら進んでいる気もする。
気分がポカポカしてる時に書かないと行けなかった。
そういう気分をストックしておければいいんだけど、レッドブルでも飲むか。
土曜は、姉上とセールなるものに行ってきた。
なんだかんだ、姉弟というのは落ち着くものではある。
財布は大分軽くなったけど。
最近ユニクロでものを買わなくなってしまった。ああ、魂にも贅肉がついてきてるんじゃないか。
大分服も多くなってきたので、少し捨てなくてはいけない
これから年度末で、試薬等頼みにくくなりそうなので、先を見越して幾つか試薬を購入してみた。
Cas9/CRISPRははっきり行って手一杯ではあるのだけど、あったらいいのになって遺伝子ターゲットのプライマーを購入だけした。
作るのはかなり簡単だし。
大分慣れてきて、設計手順も練れてきた。
こんなのはどうだろう、まずストラテジとしては無いけど（多分ハウスキーピングだから）GSK3bでもけしてみようか。
これでうまくいくかは保証しません、あくまで、へのへのメソッド。
視覚的なExon配列と構造に関してわかりやすいデータベースとしてneXtProtというのを使います
Humanオンリーなので注意ですが。
前者なら悩む必要はないけど、後者ならドメインにあたりを付ける必要がある、そこでStructure（→）をクリック
左側のExonをクリックします
こんな画面になります
先ほど一応Active siteが181Dでありましたので、ここを狙うなら、5番目のExonになります。
緑色のものがコーディングシーケンス（タンパク質をコードする領域）となります。
注意点としては、５’上流においてはたまにCDSが入らないExonがはいる場合もあり、とにかく上から数えればOK。
さて、ではExon5を潰してみます。
ここでCHOCHOPを使ってみます（Exonとの対応がしやすいと思います）
単に変異を解析するだけなら、100bpで遺伝子のダイマーがヘテロになる場合のｅ移動距離の変化を解析するのですが、個人的にはアガロースの方が簡単だし、大きな範囲のDeletionも考えているので、300～500でやろうとしてます。
うまくいくかは検討中です。
検索結果、じゃん
上のExonの図はマウスで動かせてホイールでカクダイ出来る
一案としてはこれで変異体を作れば、ある程度の確率で変異体が作成できるかと思います。
第二案としては、もう少し大きな領域を削りこみたい。
今の配列でもいけるんですが、少しこってNickaseの配列を探して見ることにします。
活性ドメインを挟みこみたいので、さっきの配列より５’上流を探す。
黄色い矢印の方をチェック
で、逆向きに伸びる赤の矢印をチェック
うーむ赤なだけに、色々な配列と引っかかっています。
ターゲットはできれば選べればいいから、もっと大きくExon5番近辺を切り取るようなものを作るとよいかもしれません。
こういうの書くのはダラダラと書けるんだけどな。
書類書かないと。
ネタ的にはこの論文がかなり面白かった。
Cellの論文で、ドーパミンシグナルが、免疫炎症作用を制御するInflammasomeの活性を抑制している、とのことであった。
まぁよくよくみてみるとｃAMPを解しているので、ドパミンじゃなくてもいいんじゃないかって気分にはなったが。
最近のトレンドとしては、ドパミン神経の生存性と自己免疫活性が関与していて、パーキンソン病などの細胞生存に関わっているというお話であったので、こういったドパミンシグナルがパーキンソン病で少なくなって、炎症が進んでいく、というようなセオリーも成り立つのではないか。
ドパミンによるインフラまソームコアタンパクNLRP3のユビキチン化及び、分解を促進しいるらしいのだけど、そのユビキチン化にMARCH7とよばれる、膜タンパクであるの特殊なユビキチンリガーゼが関与しているのが面白かった。
最近あまり追っかけてなかったけど、このファミリーは神経での機能はあまりわかっていなかったので、興味深かった。
MARCH時代が来るのかもしれない。
