武士道な読み物・CRISPRscan

武士道、１６，１７，１８とみて、いまジェネレーション。

さて何の話かわかるまいが。

青春小説高校生だった彼女がもう子供がいる恐ろしさ。

ああええ年をとりましたわい。

雨ばかりでどんどん気温が下がってきました。

ゲリラ豪雨が降ると校舎の雨漏りが出てきたりします。

うーむ新しい校舎っぽいのになぁ。

論文は一日うんうんうなってとりあえず１割削減を実行して直した気になりました。

いろいろな人に読んでもらったりしましたが、誰一人よろしい顔をしない悲しさ。

見どころあると思ってるのは作者ばかりなり

もうSFしかないのか。

　

新着論文みていたらCas9/CRISPRの新しいデータベースが紹介されていたのでもちろん使ってみました。

CIRPRscan

ということで例によってLRRK2をノックアウトしてみますか。

本当はLRRK2を憎んでいるんじゃないかって気がしてきました、駆逐してやるー

実は抗体までもっているというのに。

さてGeneでさがしてみますか

HUMAN　LRRK2お前を駆逐してやる（二度目）

一番左のScoreがsgRNAの効率のよさみたいですね、あとはOfftargetがなければ大体OK

右のほうにあるHelpを押すとそれぞれの要素の説明が出てきます。

Canonicalは典型的ということですが、Alternativeな法則でも大丈夫なよう。Germlineで遺伝子が殺せるようなベクターにいれることができるそうな

Off targetもちゃんと表示、よく見ると名前はゲノムのターゲットリージョンをしめしているから、Targetも特定はしやすい。

Exon intronのどの部位に来るか視覚的に切り替わるとかあるともっと便利（そういうソフトはCHOPCHIOPとなる）

右上のENST0000~ってのはそれぞれENSEMBL transcript IDというENSEMBLデータベース上のIDをしめしているようです。

たぶんAlternatice splicingとかが対応？数値はbpだから大体ENSEMBL上のどの辺にターゲットがあるかは予測可能かな。ということでEnsenmbleデータをIDでひらいてみます

矢印のようにExonをクリックすると詳細に出てきます

デュアルモニターかプリントアウトを活用すれば、うえで出てきたsgRNAがどの辺をターゲットにしているかは何とかわかりそうですね。

もうちょいアップデートしてExon対応もしてくれると楽そうでした。

Nature methodsに有効性論文が出ているらしいけど、わたし読めない( ；∀；)

まぁデータベースを組み合わせたら効率的に設計できそうかなぁ。