へのへの先生仮免中

やっぱ教授になるまで仮免中で行きます(なれるのか)、神経系の研究がメインです

今週のはちみつ?・書類の終わりはあるのか・遺伝子の変異を探しましょう(GNOMAD、COSMIC、ClinVar)・オルコットの昔気質の少女を思い出す

今日も地元ラジオを聞きながら、投稿したが、今日の話題は、今週の取り寄せはちみつ、というコーナーだった。

毎週紹介するほどはちみつってあるんかい、という心の声をよそに、実に美味しそうなはちみつ話をきかされるのであった。

はちみつがアルツハイマーに効いたら山田養蜂場あたりから奨励金がこないかなぁ。

 

さて、上がるときには迅速なんだが、警戒レベルをさげるのはゆっくりということになる。

まぁわかるんだけど、卒業間際の学生とかはどうなるのか心配にはなる。

とりあえず書類書きは終わったと思ったところからが勝負、と学生を追い立てている。

推薦状みたいなのも書くんだけど、せめてここは他の先生以上に時間をかけようと思って、2,3日効果的な学生のアピールポイントを考え、どう配置すれば、読んでるヒトの注意を引けるかとか考えながら、配置を熟考。

まぁ評価書なんぞで大きく差がでたら、それこそ問題で、時間を書けても仕方ないのかも知れない

けれど、とにかく学生をフォローするぜという親鳥のような気構えだけはガルルと見せておきたいのだ。

曰く、泉に落ちて、きれいになったジャイアンですか?というような評を当の学生からもらうわけである

まぁ頑張ってきれいに見せている感はあるが、素がないと書けないんだよ、とは言っておいた。

 

オンライン授業なんて見向きもしないやつは本当にしないなぁとStreamの配信の視聴カウントを見ながら思う。

まぁそれでもせっせとお尻を叩いて、7割位で行ってるが、後の3割は全く手もつけていない、まぁこういう人たちは授業来ても、ずっと携帯でもいじってそうだけど。

正直大学の授業なんて、自己責任で、落とすのは学生の方の不始末だとは思う

勉強したくなければほっとけば良い、と思うのだが、ウチの学部では通じないので、いろいろ脅したり、すかしたり、という作業が必要になる。

アンケートでも取ろうかなぁ、こいつら試験前になってインターネットが死んでいたとかいうんだろうなぁ。

 

学生と書いている論文のデータ補強をするために、対象タンパク質の病態関連変異やValiantを検索していた。

GNOMAD、COSMIC、ClinVarと3つのデータベースを使用してみた。

まぁ論文に使ったタンパクは出せないので、αSynuclein(SNCA)を探索、小さいし。

GNOMAD(gnomAD (The Genome Aggregation Database: ノマドと読みます: 旧 Exome Aggregation Consortium (ExAC)) は、米国ブロード研究所 (Broad Institute)が提供する、様々な研究で調べられたヒトのエキソームやゲノムのデータを集約したデータベースです)統合TVより。
おおくの疾患に対する変異を解析できるらしい、変異体、バリアントは一番多く出てきて、視覚的には変異がどの位置にあるかわかりやすい。

一方で、今一どの疾患にリンクするのかわかりにくく感じた

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まるで囲った段をクリックすると、そこの近辺の変異が下の表に示されることになる

頻度とか、どの様な変異があるかわかる。

 

COSMICは(COSMICでは、投稿論文の情報をもとに手動で入力されたデータで、がんの原因となる変異が報告されている遺伝子をまとめた Cancer Gene Census (CGC) というプロジェクトで挙げられた遺伝子について詳細な情報、論文からアップロードされたデータや、The Cancer Genome Atlas (TCGA) や International Cancer Genome Consortium (ICGC) などの他のデータベースからインポートしたデータで、前者が既知のがん遺伝子についての情報であるのに対し、後者は新たながん遺伝子の発見に役立つ情報です)と統合TVより。

。ガンデータベースに着目しており、そういう意味ではどの疾患にリンクするのかがはっきりしている。

SNCAはガンとの相関性は知られていないが、Valiantは結構あるようで、こんな感じになる

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これも、ぱっとみ疾患と結びついているのかよくわからない。

で、最後にClinVarClinVar(クリンバーと読みます)は、ヒトゲノムの多様性と関連する疾患についての情報を収集し、自由に利用できるアーカイブとしてNCBI((National Center for Biotechnology Information: 米国 国立生物工学情報センター)が提供しているデータベースです。多型の位置、遺伝子名、疾患関連情報などを収録しています。)統合TVより。

まぁこれが一番視覚的、病気との関連的には理解しやすいデータベースと言える。

データセットはどのくらいあるのかよくわからないのだが・・・

Pathogenicな変異がきっちり見分けがつくのと、どの疾患に関与するのかも検討可能である。

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思い出すシリーズ、もうおもいだせん。

まぁ流れ的には若草物語くらい出しても良いのだろうけど、僕若草物語あんまり好きじゃないんだよなぁ。

面白い小説だとは思ったんだけど、たぶん作者の分身で主人公たるジョーを愛せなかったところはある。

モンゴメリーエミリーシリーズ然りだが、作者が自分の等身大の人物を割り振ってしまうと、思い入れが強すぎて、なんとなく、個性のある主人公中心に話が進みすぎる気がする。

一回は読んでもいいし、面白いんだけど、まぁ一回でいいかなという所。

オルコットだったら、多分今見つけるのは難しいと思うが、昔気質の少女のほうが印象に残っている。

たしか、田舎で慎ましく育てられたポリーが、お金持ちの友達の家に招かれて、最初は世間知らずのように扱われるのだけど、お金より大事なものってあるよね、というのを気づかせてくれる、という流れだったと思う。

私結構この話が好きなところがあって、友達の家でわがまま放題に育ったトム(だったとおもう)を、ずっとポリーが好きでいる一途な所が良い。

まぁトムは愉快なんだけどちょっと頼りない所もあり、素行も悪く学校も放校される、もっと理想に近い地道な男性にも求婚されるのだけれど、どうしてもポリーはトムが好きなんだ、というところは、オルコットらしいのか、らしくないのか。

まぁジョーもローリーとくっつかなかったし、恋愛関連はひねるのが好きな作者かも知れない。

なんだかんだあって、西部で立ち直ったトムとポリーはどうなるのか?

図書館くらいにはあるかもなので、その結末は読んでみてくださいまし。

他の作品の8人のいとこ、おお、なんか少女漫画っぽい挿絵付きやな。

のほうはトムっぽい人物とヒロインはくっつかなかった気がするから、オルコットがダメ人間好き、ってわけでもないだろう

と書くとちょっと語弊があるか、どちらも、今後成長する気概を見せる人物をえらんでいるから、作者の好みは一致しているとも言えるかも知れない。