夜は8時頃に猛烈な眠気、どうしたものだか。
ボスと相談する機会があって、ちらりと見える論文の直し、お、やる気になってくれたか!っておもったら、別の人の論文だったというオチ。
まぁ、優先順位があるのもわからないじゃないんだ、見つけるんじゃなかったな、ってオチではある。
僕も割りと切迫してはいるんだけど。
次見るからとかいってたけど、やっぱり気を使わせたのかな、まぁあんまり面倒くさいことは考えないようにしないと。
引っ越そうかなぁと思って、色々相場を調べている。
ちなみに地元のO市なんかは当たり前だが東京の大体1/3の価格である。
間違いだと思うけど、1LDK 114㎡ 7万円とかいう物件があってびっくりした。
リビングで端にテレビおいたら、もう一方の端からは見られないレベル。
そんかし、かなり古い物件が多い。まぁ広いのが良いです。
さてさてジャポニカ復讐帳みたいな事を書いてないで、なんか明るい話題はなかったか
うん、ないな
ってことで、なんかサイエンスネタでもあったか。
そういえば以前素敵紹介したIn fusionというクローニング法、これは15bpずつ重複する配列をつけておけば、ペタペタ遺伝子が結合するっていうかなり効率のよい優れもの
Vectorなどは制限酵素で直線化(平滑末端でも突出末端でも良い)すればいいのだが、プライマーの設計は自分でやるとやや面倒くさい、Clonetechのオンラインツールで設計をすると楽そうだったので使ってみた。
やったのはホモロガスリコンビネーションベクターに、マイクロホモロジードメインを付加して、sgRNAで切れるようにする、という以前Nature communicationで広島大からでた論文を参考にしたものを作った。
意外に設計は簡単で、53bpのプライマーをダイマライズしてちょんちょんと両端にIn-fusionでくっつけるって事をすれば作れそう。
まぁこちらは流石にうまく言ったら紹介ということにして、今回はpcDNA3を使ってGateway化をやってみた!って感じの仮想設計をやってみる。
Get fragentボタンを押します
さて、2つ断片が出来ますが、今回は大きい方を選べばOK、部分的な配列を切って入れたい場合はDNAの塩基量を確認しておきます。
さて、断片がひとつの場合は簡単ですが、2つ同時に入れたい場合、+ add fragmentというボタンを押してください。
下のWindowが増えるので、5’の順に上から入れていきます。左にはGFPを入れてみますか。
フレーム合わせる元気ないので、今回の配列は使えるかわかりませんぜ。
横のプライマー欄は左の部分配列をPCRで増幅したフラグメントの場合を想定しているみたいですが、ようわからん。
今回はこれでプチッとなとおします
と、こんな感じで、うまくつなげてくれるプライマー配列を教えてくれます。
思いついたら貼れば良いと言うものでもない、反省。
まぁむかし制限酵素で悩んで、ライゲーションで悩んでやってた時代から格段の進歩。
めっちゃ効率いい
まぁDNAソフトで確かめてみ。フリーならAPEをおすすめするぜ
実はこれ5日前に書いて、ネオチして放置してたわ。
生活リズムを取り戻さないと。